La historia nos traslada a un futuro cercano en el que la humanidad ha sido devastada por unos parásitos virales conocidos como Gastrea. Lo que queda de la humanidad vive aislada en un pequeño territorio en el que la desesperación y el miedo están a la orden del día. Es un mundo atrapado en la oscuridad. Rentaro Satomi es un muchacho que vive cerca de Tokio y que es miembro de la organización “Seguridad Civil” en Tokio, donde hace gala de sus habilidades especiales. La organización se especializa en la lucha contra Gastrea. Junto a él trabaja Enju, una jovencita. Un día ambos reciben una misión muy peculiar por parte del gobierno, una peligrosa pero cuyo objetivo es evitar la destrucción completa de Tokio.